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No obstante el que el MITYC no aporte financiación al programa en 2011 no significa que las Comunidades Autónomas que lo deseen no puedan realizar nuevas convocatorias para proyectos de tipo regional, financiándolas con cargo a sus propios recursos y a los remanentes de recursos no utilizados procedentes de las transferencias que el MITYC les hizo en pasados ejercicios y que se han originado como consecuencia de proyectos aprobados y luego no realizados o realizados parcialmente por los organismos y empresas beneficiarias. Por lo tanto, hasta 2013 podrán realizarse nuevas convocatorias para proyectos regionales por parte de aquellas CC.AA. que lo consideren oportuno y la gestión será compartida con el MITYC mientras se estén utilizando recursos procedentes de las transferencias realizadas por el mismo. En las CC.AA. de Andalucía, Aragón, Cantabria y C. Valenciana ya están abiertas las convocatorias correspondientes a 2011.

Las líneas de ayudas a la innovación en la PYME de las convocatorias que puedan producirse en los próximos años, deberán seguir encaminándose entre las contempladas en el Real Decreto 1579/2006 de 22 de diciembre y los beneficiarios podrán seguir siendo las pequeñas y medianas empresas que cuenten con uno o más empleados y/o organismos intermedios (organizaciones públicas o privadas sin ánimo de lucro que de forma habitual presten servicios de apoyo a la innovación a las PYME y dispongan de recursos materiales y humanos suficientes).
Entre 2007 y 2011 se han aprobado un total de 18.375 proyectos de los  que se han beneficiado cerca de 35.000 pequeñas y medianas empresas que recibieron un total de 345,7 millones de euros, de los cuales el MITYC ha aportado 238,8 millones y el resto por parte de las CC.AA. españolas (a excepción de las correspondientes a Navarra y País Vasco que no han participado en el programa). La inversión en materia de innovación inducida por el programa o, dicho de otra forma, la realizada por las PYME beneficiarias del mismo en aquellas actuaciones objeto de subvención han superado los 1.100 millones de euros entre 2007 y 2011.

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