O programa de apoio ás AEI pretende lograr unha colaboración estreita entre a Administración Xeral do Estado (AXE), as Comunidades Autónomas (CCAA) e as Entidades Locais, para contribuír á mellora da competitividade da empresa española, en particular das pequenas e medianas empresas.
O apoio ás AEI pretende paliar deficiencias de mercado relacionadas con problemas de coordinación, que impiden o desenvolvemento de agrupacións ou limitan os incentivos das empresas a relacionarse entre si, a establecer fluxos de información e coñecemento, e a colaborar en proxectos innovadores tecnolóxicos ou organizativos que pola súa envergadura transcenden os recursos da empresa individual.