La financiación del Programa se recogerá anualmente en los Presupuestos Generales del Estado y podrá contar con la cofinanciación de las comunidades autónomas.
Cuenta con un presupuesto estimado de 500 millones de euros, para el periodo 2007-2013, con una cofinanciación del Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER) estimada en 100 Millones de euros y con la financiación adicional procedente de aquellas CC.AA. que así lo decidan en el marco de la Conferencia Sectorial de la Pequeña y Mediana Empresa.
Del presupuesto anual de este programa se reservará crédito suficiente para financiar los proyectos de carácter suprarregional en que participen empresas de varias comunidades autónomas.
